Zeoliţii naturali se utilizează în procesul epurării apelor reziduale din industria chimică, farmaceutică, alimentară, metalurgică, precum şi la epurarea apelor uzate orăşeneşti . Apele reziduale de provenienţă diferită şi cu grad de impurificare diferite, conţin poluanţi de natură organică şi săruri anorganice, cu cationi interschimbabili : NH4+, Cu2+, Pb2+, Zn2+, Cd2+ etc . Problema îndepărtării sau reducerii concentraţiei amoniacului din apele reziduale este strâns legată de menţinerea echilibrului ecologic. Selectivitatea deosebită zeoliţilor naturali de tip clinoptilolitic pentru ionul amoniu, a permis utilizarea lor în procesul epurării apelor reziduale cu conţinut de amoniac. În numeroase ţări s-a trecut la experimentarea tufurilor vulcanice zeolitice pentru reţinerea cationilor metalelor grele din soluţii. Clinoptilolitul este recomandat pentru tratamentul apelor reziduale în vederea reţinerii cationilor de plumb, cupru, cadmiu, zinc, mangan şi fier. Clinoptilolitul se utilizează la tratarea apelor reziduale orăşeneşti pentru îndepărtarea substanţelor organice şi a fosfaţilor. Încercările efectuate pe o instalaţie pilot, au indicat o îndepărtare a fosfaţilor de circa 80% şi a încărcării organice de circa 22%. Utilizarea simultană a 7H2O ca adjuvant de coagulare a apelor orăşeneşti cu zeolitul clinoptilolitic şi FeSO4, determină îndepărtarea într-o măsură avansată a fosfaţilor. Clinoptilolitul poate fi folosit la tratarea apelor reziduale ce conţin compuşi organ